El Programa Nacional de Diagnóstico Manejo y Prevención de Enfermedades Genéticas y Defectos Congénitos en Cuba, se introduce a nivel Nacional desde el año 1981.Esto ha hecho posible una disminución de la incidencia al nacimiento de niños con malformaciones congénitas incompatibles con la vida, por tanto una disminución de la mortalidad infantil. Objetivo: Determinar el comportamiento de las anomalías congénitas  en interrupciones de embarazo en el Municipio Centro Habana durante los años 2002 al 2016. Método: Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo de tipo observacional. El universo estuvo constituido por 176 gestantes con diagnóstico de defecto congénito o enfermedad genética con criterio de interrupción de embarazo en el período comprendido entre enero del 2002 a diciembre del 2016.Se calcularon tasa de  prevalencia y se empleó el análisis de tendencia para conocer el comportamiento de los casos diagnosticados a través de los años. Los resultados se expresan en valores porcentuales y tasas, los cuales se muestran en tablas estadísticas. Resultados: Las malformaciones congénitas renales  se comportan como las más frecuentemente diagnosticadas seguidas de las malformaciones del Sistema Nervioso Central, defectos del tubo neural, cardiovasculares y cromosomopatías ; existe una tendencia estable en lo relacionado a la cantidad de casos diagnosticados por años. No se demuestra diferencia significativa entre los casos diagnosticados con malformaciones congénitas  y las interrupciones de embarazo solicitadas. Conclusiones: El Programa de Diagnóstico Prenatal en nuestro Municipio logra diagnosticar un alto  porciento de anomalías congénitas prenatales; la interrupción de la gestación es una opción  reproductiva usualmente aceptada por las parejas.