Introducción: En el laboratorio de Biología Molecular del Centro Nacional de Genética Médica se realiza el diagnóstico molecular de sexo, el cual es de vital importancia en pacientes que presentan trastornos de diferenciación sexual,  afecciones debido a cambios hormonales en el individuo y gestantes portadoras de enfermedades genéticas ligadas al cromosoma X. El estudio molecular de sexo consiste en determinar la presencia de los genes AMEL-X y AMEL-Y, localizados en los cromosomas X y Y, respectivamente; y el gen SRY, presente en el cromosoma Y. Objetivos: Describir el diagnóstico molecular de sexo mediante las técnicas PCR-AMXY y PCR-SRY, y los resultados obtenidos. Métodos: En el período comprendido entre 2007-2016 se recibieron en laboratorio 327 muestras, entre sangre y líquido amniótico, de pacientes con hipogonadismo, amenorrea, azoospermia o ambigüedad sexual; y gestantes portadoras de alguna enfermedad genética ligada al cromosoma X. A partir de las muestras se procedió al aislamiento del ADN por el método de precipitación salina. La determinación del sexo molecular se realizó mediante la técnica de PCR, utilizando cebadores específicos para la amplificación de los genes AMEL-X, AMEL-Y y SRY. Resultados: Del total de muestras analizadas, en 322 se pudo obtener resultados. De ellas 175 presentaron el gen AMEL-X, 157 el gen AMEL-Y y 147 el gen SRY.  Conclusiones: La combinación del análisis molecular de los genes AMEL-X, AMEL-Y y SRY permitió diagnosticar al 98,5% de los pacientes y que estos tuvieran asesoramiento genético y tratamiento adecuados para cada caso.