Introducción. El Centro Nacional de Genética Médica (CNGM) tiene dentro de sus objetivos estratégicos la implementación de un Sistema de Gestión de Calidad (SGC) para mejorar la calidad de los procesos, y aumentar la seguridad y satisfacción de sus clientes. Esta estrategia fue implementada en el proceso asistencial por la necesidad de brindar un servicio confiable y con los más altos estándares de calidad. Objetivo. Evaluar el comportamiento del nivel de satisfacción de los clientes internos y externos del proceso asistencial del CNGM en el período de mayo de 2012 a mayo de 2016. Métodos. Se aplicaron instrumentos para evaluar el nivel de satisfacción de los clientes internos y externos, tanto al inicio como al final del período de estudio. Resultados. Como resultados al inicio del período, para los clientes internos las mayores insatisfacciones estuvieron relacionadas con la falta de equipamiento tecnológico y de materiales necesarios para el procesamiento de las muestras, para un nivel final de satisfacción de 56.4%.  Al final del período se apreció un ligero incremento de estos valores. Para los clientes externos, estuvieron asociadas igualmente con la disponibilidad de recursos (28.6%), el equipamiento (31.4%) y el tiempo de respuesta (25.7%). Todo ello, para un nivel de satisfacción final de 79.8%, el cual aumentó, al final del período evaluado, a 87.4%, luego de definir e implementar estrategias para erradicar las insatisfacciones. Conclusiones. La evaluación del comportamiento del nivel de satisfacción de los clientes internos y externos del proceso asistencial en el CNGM permitió trazar estrategias para contribuir a la mejora continua del SGC en la organización.