Introducción: La alfafetoproteína (AFP) es una glucoproteína específica del plasma fetal que interviene en varias funciones; con su determinación en suero materno el programa tiene el propósito de diagnosticar  defectos de tubo neural y otros defectos abiertos. Objetivo: Describir los resultados del programa de pesquisaje de defectos congénitos por cuantificación de alfafetoproteína en suero materno. Método: Estudio descriptivo, transversal en el universo de 10 007 gestantes evaluadas en el servicio de Genética  Municipal de Pinar del Río entre enero del 2008 y diciembre de 2012. Se determinó   cobertura del programa, porcentaje de positividad el grupo estudiado, valor predictivo positivo, causas de alfafetoproteína elevada y clasificación de los defectos asociados. Resultados: La cobertura del programa fue del 98.6%, el índice de positividad fue del 3,99% con un total de 394 mujeres con AFP elevada; la amenaza de aborto fue la causa de mayor relación con niveles elevados (27%). En 99 gestantes (25,1%) no fue posible demostrar la causa. En 16 gestantes (4,06%) se diagnosticaron defectos congénitos, de los cuales el 55% fueron variantes de defectos de cierre de tubo neural y el 31% restante defectos de pared anterior. El valor predictivo positivo en 2012 resultó en 9.09. Conclusiones: La cuantificación de alfafetoproteína en suero materno es un programa con un comportamiento estable en el territorio que constituye una herramienta eficaz para el diagnóstico prenatal de defectos congénitos.