Introducción: La enfermedad inflamatoria intestinal (EII) comprende principalmente la colitis ulcerosa (CU) y la enfermedad de Crohn (EC). Se desconoce la etiología de la EII, pero se ha postulado como una enfermedad multifactorial debido a factores genéticos e inmunológicos en su desarrollo. Los cambios de la inmunidad humoral incluyen, la presencia en suero de dos tipos de anticuerpos: anticuerpos anticitoplasma de neutrófilos (ANCA) y anti-Saccharomyces Cerevisiae (ASCA). Los primeros se detectan con mayor frecuencia en los pacientes con CU y los ASCA, por su parte, pueden ser de tipo IgG o IgA, identificándose en los pacientes con EC. Objetivo: evaluar la prevalencia de los ANCA y ASCA en los pacientes con EII, estudiando el valor que pudieran tener para el diagnóstico de EC frente al de CU. Material y método: Se emplearon muestras de 20 pacientes con sospecha de EII y 20 individuos sanos. Las determinaciones  de ANCA y ASCA se realizaron  por técnicas de  inmunofluorescencia  e inmunoenzimaticas Resultados: De los 20 pacientes con EII, sólo 1 fue ANCA + (IFI), por ELISA éste paciente presentó un patrón perinuclear (pANCA) y resultaron ASCA (+) 19. Los pacientes sanos fueron negativos para ambas determinaciones, alcanzándose una sensibilidad diagnóstica para ASCA de 95%, una especificidad de 100%, un VPP de 100% y un VPN de 95%. Conclusión: La determinación simultánea de ambos anticuerpos: ANCA y ASCA ayuda a diferenciar el diagnostico en caso de una colitis indeterminada, con lo cual estos datos apoyarían al clínico a orientarse, ante un cuadro de crisis inflamatoria sin elementos claros para definir si se trata de una CU o EC.