Introducción. La consanguinidad y la endogamia son expresiones de matrimonios selectivos, que incrementan la ocurrencia de enfermedades genéticas en las poblaciones humanas. Aun cuando se ha sugerido que la práctica ancestral de la endogamia es una de las causas de la elevada frecuencia de enfermedades genéticas como la fucosidosis o la fenilcetonuria en Holguín, no se cuenta con estimados de consanguinidad o endogamia en el territorio. Objetivo. Obtener estimados de la consanguinidad y la endogamia en Holguín entre los años 1730 y 1850. Métodos. Se emplearon varias fuentes documentales y la confiabilidad de la información se aseguró a través de la triangulación de fuentes. Resultados. Se registraron 1731 matrimonios de 1730 a 1850. Se identificaron 94 (5,43%) matrimonios entre individuos con segundo grado de consanguinidad, 38 (2,19%) entre individuos con tercer grado de consanguinidad, y 121 (6,99%) entre individuos con cuarto grado de consanguinidad. El índice de consanguinidad por dispensas matrimoniales varió entre 0,00186 en la década de 1730 a 1739, hasta 0,033 en la década de 1820 a 1829, con una tendencia a aumentar en el transcurso del tiempo (r=0,769; p=0,003). En el periodo estudiado, la ocurrencia de matrimonios endogámicos tuvo una frecuencia del 66,8%. Conclusiones. Se demostró la ocurrencia de altos niveles de consanguinidad y de endogamia en la población holguinera en el periodo de 1730 a 1850. Estos resultados tienen importantes implicaciones clínicas y sugieren que, en Holguín, la elevada frecuencia de enfermedades genéticas recesivas está asociada a los elevados niveles de consanguinidad y endogamia.